Si la création de nouvelles variétés est à l'origine d'une forme de biodiversité, elle a aussi entraîné l'appauvrissement de la diversité génétique des plantes cultivées par perte des allèles ne présentant pas un intérêt direct pour la culture. Cette perte de diversité génétique rend les plantes moins résistantes aux modifications de l'environnement (maladies, prédateurs, changement climatiques). Face à ses menaces, le recours au patrimoine génétique des variétés anciennes ou à de nouvelles pratiques culturales (polyculture, agriculture biologique) permet d'envisager des solutions.