chromosom bakteryjny - koliście zamknięta cząsteczka DNA, zawiera wszystkie geny niezbędne do prawidłowego funkcjonowania komórki. Obszar cytozolu zawierający chromosom jest nazywany nukleoidem
plazmidy - małe koliste cząsteczki DNA, geny plazmidów zawierają informacje o cechach, które są przydatne, ale nie zawsze niezbędne do życia bakterii, np. geny odporności na antybiotyki
rybosomy - struktury zbudowane z rRNA i białek, uczestniczą w biosyntezie białek
tylakoidy (chromatofory) - połączone lub niepołączone z błoną komórkową struktury zawierające barwniki fotosyntetyczne, występują wyłącznie u autotroficznych bakterii fotosyntezujących, umożliwiają zachodzenie fotosyntezy