En 1744, la ciudad de Guanajuato solicitó al rey Felipe V la emisión de la Real Cédula que reconocía los esfuerzos educativos de los fundadores y establecía que los encargados del Colegio serían los religiosos de la Compañía de Jesús.
Los jesuitas contaron con el apoyo de la ciudad y continuaron la construcción del colegio, según la leyenda, doña Josefa pensaba en fundarlo unas abejas fabricaron un panal en su cuarto.
La expulsión de los jesuitas de los territorios de la Nueva España, en 1767, fue el motivo por el cual el Colegio permaneció cerrado por 18 años y reabrió con el nombre de Real Colegio de la Purísima Concepción, a cargo de los sacerdotes felipenses.
El 24 de febrero de 1928 se crea el himno universitario, la letra fue compuesta por Fulgencio Vargas, y la música por Carlos Liceaga y Euquerio Guerrero.
En 1945, Manuel Cortes Herrera y Armando Olivares Carrillo hicieron que la institución se transformara en Universidad de Guanajuato el 25 de marzo de 1945.
El 17 de marzo de 1945 se fundó la Escuela de Medicina de la Universidad de Guanajuato, aun cuando la facultad aún no contaba con su propio edificio, iniciaron clases en el Hospital Juárez el 3 de abril y contaban con 21 alumnos: 18 hombres y 3 mujeres.