Gli atomi come particelle singole sono molto rari, infatti tendono a unirsi fra loro in composti ed elementi.
I raggruppamenti più comuni sono chiamati molecole
Le sostanze formate da molecole sono chiamate sostanze molecolari e comprendono la maggior parte dei non metalli e dei composti (idrogeno, fosforo, acqua, ammoniaca)
Graficamente si rappresentano con vari modelli come quello a sferette e bastoncini o quello a spazio pieno