Bioinformatika - Biological Database

• Primary databases represent experimental results but are not curated reviews, they are populated with experimentally derived data such as nucleotide sequence, protein sequence, or macromolecular structure
• Examples of primary databases include:

  • SWISS-PROT and PIR for protein sequences
  • GenBank, EMBL, and DDBJ for Genome sequences
• Centralized databases store DNA sequences and include:

  • National Center for Biotechnology Information
  • European Bioinformatics Institute
  • DNA Database of Japan
• Secondary databases contain derived information or curated data from primary databases, for example, a secondary structure database contains entries of the PDB
• Specialized databases usually cater to a particular scientific community or focus on a single organism, examples include:

  • Flybase
  • WormBase
  • AceDB
  • TAIR
• Nucleotide Sequence Databases contain various types of data such as:

  • Genomic DNA Databases
  • Sequence-Tagged Sites (STSs)
  • Genome Survey Sequences (GSSs)
  • High-Throughput Genomic Sequence (HTGS)
  • RNA data including protein-coding genes, pseudogenes, and noncoding genes
• Protein Sequence Databases include:

  • SWISS-PROT: a protein sequence knowledgebase with links to specialized databases
  • Protein Information Resource (PIR): an expertly annotated protein sequence database
  • Protein Data Bank (PDB): repository for 3-D structure data of large molecules
• The structure of NCBI entries includes:

  • Locus
  • Definition
  • Accession
  • Version
  • Keywords
  • Source
  • Organism
  • Reference
  • Comment
  • Features
  • Origin
• biological database adalah koleksi data yang diorganisasi sehingga datanya bisa mudah diakses dan diupdate oleh orang lain
• preparasi database bisa dibagi:

  1. koleksi data dalam bentuk yang bisa mudah diakses
  2. dibuat dapat tersedia untuk sistem multi-user
• bioinformatika merupakan aplikasi atau penerapan penyimpanan informasi teknologi (terkait biologi), merapihkan, dan menganalisis banyak data biologis yang tersedia dalam bentuk sekuens dan dalam bentuk struktur protein dan asam nukleik
• kenapa butuh database?

  karna untuk memenuhi kebutuhan yang beragam, baik itu untuk menjawab pertanyaan biologis sampai ke pertanyaan individual scientist. untuk mengkoordinasi data dari projek sequencing, atau untuk memfasilitasi penemuan obat bagi industri farmasi
• primary database: hasil eksperimental (dengan interpretasi) tapi belum dikurasi (belum di review dari kumpulan sumber data lainnya)
• reference genom:

  genom yang udah dikloning setelahnya baru disekuens, nanti keseluruhan genome itu diupload ke NCBI dan bakal jadi reference bagi genom lainnya. Jadi semisal kita udah dapat nukleotida dari suatu genom, kita bisa bandingin ke reference genom (genom yang menjadi referensi/acuan)
• secondary database mengandung informasi seperti sekuens yang dikonservasi, sekuens yang khas/unik yang spesifik di hewan/tumbuhan tertentu (signature sequence), dan residu situs aktif dari keluarga protein yang tiba melalui penyelarasan beberapa urutan dari serangkaian protein terkait.
• secondary database menghasilkan data baru yang mungkin spesifik untuk organisme atau minat tertentu, misalnya BOLD
• specialized database: biasanya melayani komunitas ilmiah tertentu atau berfokus pada satu organisme misalnya Flybase, WormBase, AceDB, dan TAIR
• specialized data base berisi data analisis fungsional asli. Basis data ekspresi gen seperti basis data GenBank EST dan Basis Microarray Gene Expression Database di European Bioinformatics Institute (EBI).
• Protein Data Bank (PDB): merupakan salah satu database utama yang digunakan oleh biologi struktural untuk menemukan informasi tentang bentuk fisik dari molekula-molekula yang penting, termasuk enzim, virus, DNA, RNA, proteins, dan ribozyme.
• pseudogene : gen-gen yang tidak fungsional, bisa akibat evolusi dan mutasi. contoh reseptor penciuman manusia yang sudah tidak sensitif seperti dulu