Ang El Filibusterismo buod ng buong kwento ay karugtong ng nobelang Noli Me Tangere na parehong isinulat ni Dr. Jose Rizal
Isa sa mga layunin ng nobelang ito ay gisingin ang kamalayan ng mga Pilipino noong panahon na sakop pa tayo ng mga Kastila
Nais ng may akda na himukin ang mga Pilipino na paalabin ang pagnanais na makapagtamo ng tunay na kalayaan at ipaglaban ang ating bayan
Simoun
Crisostomo Ibarra na nagbabalatkayo
Simoun tinangka niyang patayin si Basilio
Upang maitago ang lihim ni Ibarra
Simoun hinimok si Basilio
Na makiisa sa kanyang layuning maghiganti sa Pamahalaang Kastila
Tinanggihan ito ng binata dahil nais niyang makatapossa kanyang pag-aaral
Ang mga pari ang mamamahala sa Akademya ng WikangKastila kaya hindi sila magkakaroon ng karapatang makapangyari sa anupamang pamamalakad ng nasabing akademya
Simoun muli niyang hinimok ang binata na umanib sa binabalak niyang panghihimagsik at manggulo sa isang pulutong na sapilitang magbubukas sa kumbento ng Sta.Clara upang agawin si Maria Clara
Ngunit hindi ito nangyari dahil nang hapong din iyon ay binawian ng buhay si MariaClara
Ang mga mag-aaral ay nagdaos ng isang salu-salo sa Panciteria Macanista de Buen Gusto dahil masama ang kanilang loob dahil sa kabiguang maipatayo ang Akademya ng Wikang Kastila
Sila ay nagkaroon ng talumpati sa loob ng Panciteria kung saan tahasang tinuligsa ng mga mag-aaral ang mga pari
Kinabukasan, sa mga pinto ng unibersidad ay natagpuan ang mga paskin na naglalaman ng mga pagtuligsa at paghihimagsik
Ibinatang ito sa mga kasapingkapisan an ng mga mag-aaral kaya ipinadakip ang mga mag-aaral at nadamay sa mga dinakip si Basilio
Labis itong ipinagdamdam ng kanyang kasintahan na si Juli
Upang mapawalang-sala ang mga estudyante ay nilakad ng kani-kanilang mga kamag-anak ang pagpapalaya sa mga ito
Naiwan si Basilio sa kulungan dahil wala siyang naging tagapagmagitan
Juli nilakad ang pagpapalaya kay Basilio
Dahil ang akala nito'y ang pari lamang ang nag-iisang maaring lapitan para sa kalayaan ni Basilio
Naisagawa ni Padre Camorra ang panghahalay kay Juli
Dahil sa pangyayaring iyon ay tumalon sa bintana ng kumbento ang dalaga na siyang naging dahilan ng kanyang kamatayan
Patuloy pa rin si Simoun sa pagbabalak ng paghihiganti sa pamahalaan