Para naman sa pamahalaan, ang mga Sultanato ay pinamumunuan ng isang indibidwal na tinatawag na Sultan.
Ang unang sultan sa Pilipinas ay si Abu Bakr o mas kilala bilang si Sharif ul-Hashim na nagtatag ng sultanato ng Sulu.
Siya ang bumalangkas ng unang kodigo ng batas na tinatawag na Diwan na ginamit ang Qu’ran bilang batayan sa batas lipunan.
Ang saklaw ng isang sultan ay maihahalintulad sa mga responsibilidad sa isang pangulo sa ating kasalukuyang panahon, ngutin ang sistema ng demokrasya ay hindi kasing halata o nakikita sa ganitong pamumuno