Magkatuwang na pinamahalaan ng Estado at Simbahan ang pamamahala sa Pilipinas sa panahon ng pananakop. Para maging lubos ang control sa mga katutubo, sapilitan nilang tinuruan ang mga katutubo ng bagong paniniwala. Nagtayo rin sila ng mga bagong institusyong pampolitika, pang-ekonomiya, at pang-Simbahan