A Teologia e a Metafísica, por razões óbvias, mas também a Filosofia, estão excluídas do quadro geral das Ciências. Para Comte e para o Positivismo como um todo, à Filosofia só cabe o papel de crítica e organizadora das ciências: a Metafísica e a Teologia devem ser abandonadas, e a Ética deve se tornar positiva, emergindo dos resultados da Sociologia. A Filosofia deve se tornar exclusivamente Epistemologia, mais especificamente, Metodologia das Ciências.