Dec.8,1941, sinalakay ng mga puwersang Hapon ang Pearl Harbor, Hawaii. Sunod-sunod na sinalakay ng mga Hapon ang mga base ng mga Amerikano sa Davao, Cavite, Baguio, Clark Field, at Zambales.
Ipinag-utos ni Hen. MacArthur ang pagsasanib puwersa ng mga Pilipino at Amerikano sa Bataan at Corregidor. Kasama sa mga inilikas ang mga pinuno ng pamahalaang komonwelt
Sa payo ni Pang.Roosevelt, tumakas si Pang. Quezon at ng kanyang pamilya at gabinete mula Corregidor papuntang Australia noong ika-20 ng Pebrero, 1942. Iniwan niya ang pamamahala ng Pilipinas kay Jose Abad Santos. Mula Australia, dinala sila sa Washington D.C
Labag man sa kanyang kalooban, nilisan ni Hen. MacArthur ang Corregidor papuntang Australia noong Marso11, 1942. Humalili sa kanya bilang pinuno si Hen. Jonathan Wainwright. Pagdating sa Australia, ipinahayag niya ang makasaysayang pangakong "I shall return"
Dahil sa matinding hirap at gutom, isinuko ni Hen. Edward P. King, kumander ng USAFFE sa Bataan, ang mga puwersa nito kay Hen. Masaharu Homma noong Abril 9, 1942.
Ang mga sumukong sundalo ay nagmartsa sa loob ng maraming araw ng walang pagkain at inumin mula, Mariveles, Bataan hanggang San Fernando, Pampanga. Mula dito, sila ay isinakay sa mga tren at dinala sa CampO'Donnel sa Capas, Tarlac.
Noong Mayo 6, 1942 isinuko ni Hen. Jonathan Wainwright ang Corregidor sa mga Hapon. Ipinag-utos niya rin ang pagsuko sa lahat ng puwersa ng USAFFE sa buong Pilipinas.
Nabuhay sa takot ang mga Pilipino. Laganap sa buong kapuluan ang walang awang pagpaparusa at pagpatay sa mga Pilipino. Naging instrumento ng kalupitan ng mga Hapones ang mga Kempeitai (pulis- militar) at MAKAPILI (Pilipinong maka-Hapon).
Maraming mga babae ang naging biktima ng panggagahasa ng mga sundalong Hapones. Sila ay tinawag bilang mga comfort women. Noong una, ayaw aminin ng pamahalaang Hapon ang gawaing ito, hanggang sa naglakas-loob na inihayag ni Maria Rosa Henson (LolaRosa) kaniyang karanasan noong 1992.
Ipinatupad ng mga Hapones ang paggamit ng mga bagong salaping papel. Tinawag ito ng mga Pilipino bilang Mickey Mouse Money sapagkat halos wala itong halaga. Ang isang salop ng bigas ay nagkakahalaga ng isang bayong na pera.
Nagkaroon ng kakulangan sa pagkain dahil sa pagkasira ng mga taniman at sakahan. Ang presyo ng mga bilihin ay nagsitaasan. Upang mabigyang lunas ang kakulangan ng pagkain, binuo ng pamahalaan ang Philippine Commodities Distribution Control upang magrasyon ng mga pagkain. Nagtayo din ito ng mga Bigasang Bayan (BIBA) upang maging maayos ang pagbebenta ng bigas.
Dahil sa kalupitan ng mga Hapones, maraming mga Pilipino ang sumali sa kilusanggerilya. Ito ay itinatag ng mga dating kawal na Pilipino at Amerikano. Ang iba sa kanila ay itinatag ng mga dating pinuno ng bayan o lalawigan.
Ang pinakamalaking pangkat ng mga gerilya ay ang HUKBALAHAP (Hukbo ng Bayan laban sa Hapon) na itinatag ni LuisTaruc. Ito ay binubuo ng mga magsasaka mula sa Gitna at Katimugang Luzon.