La principal diferencia radica en la forma en que se visualizan las muestras. Mientras que un microscopio compuesto se utiliza principalmente para observar muestras transparentes en un plano bidimensional, un microscopio estereoscópico permite la visualización tridimensional de objetos opacos. Los microscopios compuestos tienen un orificio central por donde pasa la luz que ilumina la muestra desde abajo, mientras los estereoscopios no tienen orificio central, ya que la luz ilumina la muestra desde arriba.