Virus respiratoire

• Virus respiratoires


  Virus qui ont pour organe-cible principal l'arbre respiratoire
• Parties de l'arbre respiratoire pouvant être touchées

  • Partie haute (rhinite, pharyngite, rhinopharyngite, laryngite)
  • Partie basse (bronchite, pneumonie, bronchopneumopathie)
• La plupart des infections à virus respiratoires sont des infections localisées au niveau de la muqueuse respiratoire
• La porte d'entrée et l'organe cible sont confondus donc l'incubation de la maladie est courte (quelques jours)
• Les infections respiratoires virales surviennent dès la plus jeune l'enfance et présentent des pics épidémiques durant les périodes froides et humides
• Les virus entrent par inhalation, se multiplient dans l'épithélium respiratoire et sont excrétés dans les sécrétions respiratoires
• Leur transmission se fait essentiellement par voie respiratoire, avec une forte contagiosité
• Virus étudiés

  • Virus de la grippe ou virus influenza
  • Virus de la famille Paramyxoviridae (virus de la rougeole, virus respiratoire syncytial (VRS), virus parainfluenza, métapneumovirus)
  • Adénovirus
  • Rhinovirus
  • Coronavirus
  • Bocavirus
• À l'exception des adénovirus et des bocavirus (virus à ADN, nus) et des rhinovirus (virus à ARN nus), il s'agit de virus à ARN pourvus d'une enveloppe
• Diagnostic direct


  Prélèvement de référence est l'écouvillonnage naso-pharyngé
• Prélèvements respiratoires profonds


  Lavage broncho-alvéolaire (LBA), prélèvement distal protégé (PDP)
• Techniques de diagnostic direct

  • Tests antigéniques
  • Technique de référence : amplification génique par PCR
• Tests antigéniques


  • Mettent en évidence les protéines virales dans le prélèvement
  • Sont le plus souvent des tests rapides (résultats en quelques minutes)
  • Sont le plus souvent basés sur l'immuno-chromatographie
  • Sont moins sensibles que la PCR : leur sensibilité varie entre 50 et 80% par rapport à la PCR
• PCR


  • Technique de référence pour l'amplification génique
  • Pour les virus à ARN, il s'agit d'une RT-PCR (réaction d'amplification par PCR précédée d'une étape de reverse transcription)
  • Peut être monoplex (recherche d'un seul type de virus respiratoire)
  • Peut être multiplex (détection des principaux virus responsables d'infection respiratoires, approche syndromique)
• Les tests indirects sérologiques, détectant des anticorps spécifiques du virus, ne sont généralement pas utilisés dans le cadre du diagnostic d'une infection aiguë par des virus respiratoires
• Ils sont essentiellement réservés aux études épidémiologiques
• Grippe "saisonnière"


  Virus de la grippe circule chez l'homme lors des épidémies annuelles (virus H1N1, H3N2, B)
• Grippe "aviaire"


  Virus infecte principalement l'espèce aviaire, mais avec des cas sporadiques de transmissions humaines (virus H5N1, H7N9...)
• Virus de la grippe ou orthomyxovirus influenzae


  • Appartiennent à la famille des Orthomyxoviridae
  • Il existe trois types de virus grippaux : A, B et C
• Le virus de type A est le seul responsable de pandémies
• Espèces sensibles aux virus de type A

  • Mammifères terrestres (homme, porc, cheval, vison)
  • Mammifères marins (phoque, baleine)
  • Espèce aviaire (réservoir de la diversité génétique virale)
• Virus de la grippe


  • Virus à ARN, enveloppé
  • ARN présent sous forme segmentée (8 segments pour le type A)
  • Caractère segmenté du matériel génétique favorise les réassortiments génétiques (échanges de segments d'ARN) à l'origine de l'émergence de nouveaux virus responsables de pandémies
• Enveloppe virale


  • Dérive de la membrane cytoplasmique
  • Porte deux glycoprotéines virales principales, en forme de spicules : l'hémagglutinine (H ou HA), et la neuraminidase (N ou NA)
• Hémagglutinines et neuraminidases recensées

  • 17 hémagglutinines
  • 9 neuraminidases
• Chez l'homme on retrouve uniquement H1,2,3 - N1,2
• Souches de virus


  Nommées en fonction du type de virus (A ou B), du lieu d'isolement, d'année et de type d'hémagglutinine et de neuraminidase (exemple : A / SINGAPORE / 57 (H2N2))
• Hémagglutinine


  Permet l'attachement du virus à la membrane cytoplasmique des cellules hôtes par l'intermédiaire des acides sialiques présents à la surface des cellules infectées
• Neuraminidase


  • Lyse l'acide sialique qui retient les nouvelles particules virales bourgeonnant à la surface de la cellule, permettant ainsi leur détachement de la cellule
  • Cible des principaux traitements antiviraux : les inhibiteurs de neuraminidase
• L'infection entraîne la production d'anticorps (Ac) dirigés contre l'hémagglutinine et la neuraminidase
• Ces anticorps sont dits "neutralisants" car ils vont s'opposer à la multiplication virale
• C'est ce principe de production d'Ac qui est utilisé pour la vaccination
• Après une épidémie de grippe, l'hiver suivant, la population qui a été infectée a des anticorps anti-HA et anti-NA spécifiques conférant une immunité individuelle et collective
• Les virus influenza présentent cependant une diversité génétique qui leur permettent d'échapper partiellement ou totalement à l'immunité pré-existante
• Niveaux d'intensité de la diversité génétique

  • Modifications mineures par mutation ponctuelle, appelées "glissement antigénique" ou "dérive"
  • Modifications importantes par réassortiment (échange de gènes par échange des segments d'ARN), appelées "cassure" ou "saut"
• Glissements antigéniques


  Modifications mineures favorisées par le manque de fidélité de l'ARN polymérase virale lors de la réplication du génome viral, conduisant à l'apparition de mutations ponctuelles, en particulier sur le gène de l'hémagglutinine et/ou de la neuraminidase
• Cassures ou sauts antigéniques (réassortiment)


  • Modifications antigéniques majeures de l'hémagglutinine ou de la neuraminidase, qui ne concernent que les virus de type A
  • Correspondent à des remaniements génétiques beaucoup plus importants que des mutations ponctuelles : ce sont des "réassortiments" génétiques
• Ces échanges se font entre des virus influenza A issus d'espèces différentes (porcs, oiseaux homme)
• Le porc, qui a des récepteurs à la fois pour les virus influenza A aviaires et pour les virus influenza A humains, est un hôte intermédiaire bien adapté aux réassortiments génétiques
• Risque pandémique


  Consécutif à des réassortiments entre différentes espèces animales, à la ré-émergence d'un sous-type ancien et pour lequel nous n'avons plus de mémoire immunitaire, à l'adaptation progressive de virus où à la transmission directe d'un virus de l'animal à l'homme
• Les réassortiments entre différentes espèces font souvent intervenir les oiseaux sauvages et la volaille domestique