Kesultanan Johor Riau telah diasaskan oleh Raja Ali, putera Sultan Mahmud Shah dan Tun Fatimah. Baginda menggunakan gelaran Sultan Alauddin Riayat Shah I (1528 - 1564)
Bendahara Seri Nara Diraja dititahkan menghimpunkan rakyat untuk membukanegeri di pesisir Sungai Johor
PUSAT PEMERINTAHAN KOTA KARA, PEKAN TUA
Sultan Alauddin Riayat Shah I membina pusat pemerintahan di Kota Kara, PekanTua pada tahun 1528
Kedudukan Kota Kara yang terletakberhampiransungai yang lebar dan dalammemudahkan kapal untuk keluar masuk
Kawasan berbukit bukau di sekitar Kota Kara menjadi benteng pertahanan daripada ancaman luar
PUSAT PEMERINTAHAN KOTA SAYONG, SAYONG PINANG
Kota Kara di Pekan Tua telah diserang dan dimusnahkan oleh Portugis pada tahun 1535
Sultan Alauddin Riayat Shah I berundur dan membukapusatpemerintahan di KotaSayong
Kawasan ini lebih selamat kerana kapal perang musuh sukarmelintasi sungai yang sempit
PUSAT PEMERINTAHAN KOTA BARU, JOHOR LAMA
Pada tahun 1540, Sultan Alauddin Riayat Shah I memindahkan pusat pemerintahan ke Kota Baru, Johor Lama
Kawasan ini juga dikenal sebagai Tanjung Batu
Kedudukannya yang strategik di Sungai Johor yang lebar dan dalam memudahkan kemasukan kapal dagang
PERSAINGAN JOHOR-ACHEH-PORTUGIS
Berlaku peperangan antara tiga kuasa untuk menguasai perdagangan di Selat Melaka. Perang ini dikenali sebagai Perang Tiga Segi atau Perang Seratus Tahun
Peperangan ini berakhir apabila Johor memberikan bantuan kepada Belanda untuk mengalahkan Portugis dan menguasai Melaka pada tahun 1641. Acheh mengalami kemerosotan selepas kemangkatan Sultan Iskandar Thani
PERANG JOHOR-JAMBI
Johor menuntut wilayah Tungkal daripada kerajaanJambi.Krisis dan peperangan berlaku dari tahun 1659 hingga 1679
Johor menyerang Jambi pada bulan Jun1679.Jambitewas dan tunduk di bawah kuasaKesultananJohorRiau yang berpusat di Riau