La matière organique est composée de composés moléculaires comportant au moins une liaison C-H, qui sont plus ou moins complexes et ont un mode de représentation épuré.
Les composés organiques ont des propriétés biologiques, comme les médicaments, les poisons et les drogues, ou des propriétés physiques, comme les colorants, les pigments, les OLED, les filtres UV, les résines, les colles, etc.
Les molécules bioactives ont des interactions avec le corps, comme les enzymes et les hormones, et peuvent avoir une interaction ou une réaction entre molécules organiques.
Pour avoir la plus précise possible vision de la structure 3D (géométrie) et des charges sur cette structure, il est recommandé d’utiliser les molécules organiques avec des volumes 3D.
Les hétéroatomes (O, S, N) ont une electronégativité qui attire les électrons ou veut pas les donner, et ils ont des doublets non liants (dans quelle orbitale ?).
Les anions (charge négative) ont une valence de moins mais un doublet de plus (y compris C), et les cations (charge positive) ont une valence de plus et un doublet non liant en moins.