Sub aspect ontogenetic, punctul de plecare pentru organogeneza plantelor, îl reprezintă zigotul, din care se formează mai târziu embrionul. Din radicula embrionului (rădăciniţa) se va forma rădăcina principală; din tulpiniţă şi muguraş (gemula) va rezulta tulpina principală a plantei. Cotiledoanele embrionare reprezintă primele frunze. Următoatea etapă în formarea organelor o reprezintă plantula. Pe rădăcina principală, se vor forma radicele, iar pe tulpina principală ramuri cu frunze şi flori.