Tamén se reorganizou o territorio: elimináronse os antigos vicerreinados e creáronse demarcacións provinciais, gobernadas por capitáns xenerais, con atribucións militares, administrativas e xudiciais, xa que presidían as Reais Audiencias, que se implantaron en todos os territorios. Nas principais cidades, para o seu goberno xeneralizouse a institución dos corrixidores casteláns.