Organizem lahko izkoristi iz zaužite hrane le snovi, ki so topne v vodi ali maščobi. V procesu kemijske prebave se netopne sestavljene snovi razkrojijo v enostavnejše in topne. Ta del prebave zagotavlja, jih za svojo presnovo potrebujejo. Kemijsko prebavo vodijo prebavni sokovi, ki vsebujejo posebne snovi, ki razgrajujejo le določene snovi, na druge pa ne vplivajo. To so prebavni encimi. Po kemijski zgradbi so encimi organske, in sicer beljakovine, ki v kemijske reakcije ne vstopajo, pač pa jih le vodijo, pospešujejo. Njihova kemijska struktura se torej ne spreminja.