Bumalik sa Pilipinas ang binatang si Juan Crisostomo pagkatapos ang pitong taong pag-aaral sa Europa. Pinag-aral siya ng kanyang ama na si Don Rafael.
Naghandog ng malaking piging si Kapitan Tiago upang salubungin ang binata. Inanyayahan niya ang ilang sikat na tao sa kanilang lugar kabilang sina Padre Damaso, Padre Sibyla, Tinyente Guevarra, Donya Victorina, at ilang may impluwensya sa lipunan.
Ipinahiya ni Padre Damaso si Ibarra sa piging, ngunit nagpakumbaba lang ito at magalang na nagpaalam. Nagdahilan itong may mahalagang pupuntahan.
Si Maria Clara ang magandang kasintahan ni Ibarra na anak-anakan ni Kapitan Tiago. Siya ang dahilan kung bakit upang umalis si Ibarra sa para dalawin.
Bago umuwi si Ibarra ay pinuntahan niya si Tinyente Guevarra na nagtapat na patay na ang kanyang ama noong isang taon pa na si Don Rafael Ibarra. Ipinagtapat din ng tinyente na napagbintangan ang kanyang ama na erehe at pilibustero dahil hindi ito nagsisimba at nangungumpisal.
Ayon pa sa tinyente, nagsimula ito ng ipinagtanggol ng Don ang isang bata sa maniningil na hindi sadyang nabagok ang ulo kaya namatay. Ipinakulong si Don Rafael dahil dito sa kasalanang wala naman siyang kinalaman.
Si Padre Damaso ay hindi nakuntento at ipinag-utos pa sa sepulturero na hukayin ang labi ni Don Rafael at ilipat sa libingan ng mga Intsik. Malakas ang ulan noon kaya hindi nila kinayang buhatin ang bangkay ng Don kaya itinapon nalang sa lawa.
Samantala, sa kabila ng nangyari, hindi nagtangkang maghigante si Ibarra. Sa halip, ipinagpatuloy ni Ibarra ang sinimulan ng Don na makapagpatayo ng paaralan sa tulong ni Nol Juan.
Naghanda ng isang pananghalian si Ibarra matapos ang pagbabasbas ng itinayong paaralan. Ngunit, kamuntikan na siyang mapatay ng taong binayaran ng lihim na kaaway.
Muli na namang inasar ni Padre Damaso ang binata na inihamak ang kanyang ama. At, sa pagkakataong ito ay muntik nang saksakin ni Ibarra ang pari kung hindi lang siya napigilan ni Maria Clara.
Sa kadahilanang iyon ay natiwalag si Ibarra ng Arsobispo sa simbahan. Sinamantala naman ito ni Padre Damaso at inutusan si Kapitan Tiago na itigil ang pagpapakasal ni Ibarra kay Maria Clara. Sa halip ay ipapakasal si Maria Clara sa binatang Kastila na si Alfonso Linares.
Nagkasakit ang dalaga sa labis na pagdaramdam nito. Pero dahil sa tulong ng Kapitan Heneral ay nabalik si Ibarra sa simbahan.
Ngunit, sa hindi inaasahang pagkakataon ay hinuli si Ibarra dahil umano'y nanguna siya sa mga taong sumalakay sa kwartel. Nakatakas naman si Ibarra sa kukungan sa tulong Elias.
Bago pa ito tuluyang tumakas ay nabigyan pa ito ng pagkakataon na makausap ang pinakamamahal niyang si Maria Clara. Itinanggi ng dalaga ang liham na ginamit laban sa kanya dahil inagaw ito kapalit ng liham ng kanyang ina. Doon sa liham nalaman na si Padre Damaso ang tunay niyang ama kaya't ganon nalang ang pagtutol nito sa pagii-bigan at planong pagpapakasal nila.
Pagkatapos nito ay tumakas na si Ibarra gamit ang bangka sa tulong ni Elias. Nakatakas man sila sa ilang guwardiya sibil ay nasundan pa rin ang bangkang sinakyan nila. Tumungo sila sa Ilog Pasig hanggang lawa ng Bay at doon tinabunan ng damo si Ibarra.
Upang malito ang mga tumutugis sa kanila, naisipan ni Elias na maging pampalito at tumalon sa tubig. Sa pag-aakalang si Ibarra ang tumalon sa tubig ay pinaulanan nila ng bala si Elias hanggang sa magkulay dugo ang tubig.
Nakarating ang balita kay Maria Clara at nawalan na ito ng pag-asa sa pag-aakalang patay na ang pinakamamahal niya.
Nagpasya si Maria Clara na pumasok sa kumbento upang maging isang madre. Pumayag nalang si Padre Damaso dahil wala na rin itong magawa dahil mapapatiwakal ito kung hindi papayag ang pari.
Noche Buena na ng matunton ni Elias ang gubat ng mga Ibarra ng sugatan at mahinang-mahina. Doon ay nakita niya si Basilio at ang malamig na bangkay ng ina nitong si Sisa.
Bago pa namatay si Elias ay nanalangin ito. Hindi na niya makikita ang bukang liwayway, ngunit, para sa mga mapalad, bilin niyang batiin ito at huwag limutin ng ganap ang mga nasawi sa dilim ng gabi.
Ikalawang obra maestro ng ating bayaning si Dr. Jose Rizal. Karugtong ito ng Noli Me Tangere na una niyang isinulat.
Inilahad dito ang mga nangyari sa mga pangunahing tauhan sa Noli, ang malaganap na sakit ng lipunan sa Pilipinas na dulot ng paniniil ng mga Espanyol, at higit sa lahat, ang maaaring kahinatnan ng bayan sa hinaharap kung ipagpapatuloy ang madugong himagsikang unti-unting nabubuo.
Labing-isang taong gulang pa lamang si Rizal noon nang marinig niya ang salitang pilibustero. Sa murang edad ay naging saksi siya sa mapapait, masasakit, at madidilim na bahagi ng buhay ng ating mga ninuno kaya tumimo sa kanyang puso ang pagnanais na mailantad ang kabuktutan ng mga mananakop.
Nang taong din iyon, nagpasya si Rizal na bumalik sa Pilipinas makalipas ang limang taon ng paglalakbay at pag-aaral sa Europa upang muling makapiling ang kaniyang pamilya at makapaglingkod sa kaniyang bayan bilang isang manggagamot.
Pinaniniwalaang sinimulan niyang isulat ang ilang bahagi ng kaniyang ikalawang nobelang El Filibusterismo na may saling "Ang Paghihimagsik" noong Oktubre 1887 habang siya ay nagpapraktis ng kaniyang panggamot sa Calamba, Laguna.
Hindi naging madali ang pagsulat ni Rizal ng El Fili. Patong-patong na suliranin ang kanyang naranasan habang isinusulat niya ito. Kung kinulang siya sa pananalapi nang isinusulat niya ng Noli, higit siyang kinapos nang ginagawa niya ang El Fili kaya sadyang naghigpit siya ng sinturon.
Lumayo rin kay Rizal ang mga kasama niya sa La Solidaridad. Ikinalungkot din niya ang nakitang kawalan ng pagkakaisa ng mga Pilipinong Ilustrado sa Espanya na sila sanang pag-asa ng nakalugmok na mga mamamayan ng Pilipinas.
Dahil sa patong-patong na suliraning naranasan, naisip ni Rizal na sunugin na lamang ang kanyang mga isinulat. Sinasabing may bahagi ng nobela ang hindi niya napigilang ihagis sa apoy sa bigat at tindi ng kanyang alalahanin.
Nang matapos ito noong Marso 29, 1891 at mahanap ng murang palimbagan sa Ghent, Belgium ay ipinadala niya ang maunuskrito sa kaibigang si Jose Alejandrino. Sa kasamaang palad, hindi natapos ang paglilimbag ng aklat.
Ipinasira ng Pamahalaang Espanyol ang mga sipi at nobela subalit may ilang nakalusot at nagbigay ng malaking inspirasyon sa mga naghihimagsik. Patuloy nitong naantig at nagising ang damdamin ng mga Pilipino.
Ang El Filibusterismo ay binigyan ng iba't ibang saling-pamagat. Sa wikang Ingles, ito ay isinalin bilang "The Filibustering". May salin din ito sa wikang Ingles na ang pamagat ay "The Reign of Greed" na tinumbasan naman sa wikang Tagalog ng "Ang Paghahari ng Kasakiman". Sa ibang aklat sa wikang Ingles, ito ay "The Subversive" na ang salin naman sa wikang Filipino ay "Ang Subersibo".
Ayon mismo kay Dr. Jose Rizal, na mababasa rin sa ginawang introduksiyon ng kaibigan niyang si Ferdinand Blumentritt para sa kaniyang ikalawang nobela, ang "filibustero" ay nangangahulugang "mapanganib na taong (makabayan) mamamatay kahit na anong oras".
Napatunayan ang pagkakasangkot ng tatlong paring martir sa pag-aalsa sa Cavite. Hindi rin pinayagang muli ng mga Espanyol na mabuksan ang kanilang kaso upang hindi lumabas pa ang katotohanan.
Mga pamagat ng El Filibusterismo

The Filibustering
The Reign of Greed
Ang Paghahari ng Kasakiman
The Subversive
Ang Subersibo
Filibustero

Taong kritiko, taksil, lumaban o tumuligsa sa mga prayle at Simbahang Katolika, at sa mga pamamalakad ng pamahalaan
Simoun

Isang napakayamang mag-aalahas at kaibigang matalik at tagapayo ng Kapitang Heneral
Makapangyarihan siya kaya iginagalang at pinangingilagan ng mga Indio at maging ng mga Prayle
Nais niyang udyukan ang damdamin ng mga makabayang Pilipino sa palihim at tahimik niyang paghahasik ng rebolusyon, linisin ang bayan, at lipulin ang lahat ng masasama kahit siya ay inuusig ng kanyang budhi sa paraang kanyang ginagawa
Kapitan Heneral

Hinirang siya ng Espanya bilang pinakamataas na pinuno ng pamahalaan
Sinasabi niyang kailangang pagbutihin ang kanyang tungkulin at gawain
Nais niyang magpakita ng kasipagan at pagpapahalaga sa oras kaya ginagawa niya ang importanteng pagpapasiya habang naglilibang at sa pagmamadali
Larawan siya ng pinunong pabigla-biglang humatol
Hindi niya alintana ang kapakanan ng kanyang pinamumunuan
Salungat siya lagi sa pasiya ng Mataas na Kawani
Mataas na Kawani

Isang Kastila at mataas na kawani ng pamahalaan na kagalang-galang, tumutupad sa tungkulin, may paninindigan, at may kapanagutan
May mabuting kalooban para sa kapakanan ng mga makabagong mag-aaral na nagsusulong ng pagtuturo ng wikang Kastila
Lagi siyang salungat kapag hindi pinag-iisipan at di mabuti o di pinag-aralang masusi ang panukala ng mga opisyal at kawani
Padre Florentino

Isang mabuti at kagalang-galang na paring Pilipino kahit pinilit lamang siya ng inang maging lingkod ng Diyos dahil sa kanyang panata
Siya ang kumupkop sa pamangking si Isagani nang maulila sa magulang
Padre Bernardo Salvi

Isang paring Pransiskano na pinakikinggan at iginagalang ng iba pa niyang kasamahang prayle
Siya ay mapag-isip
Umibig siya nang lubos kay Maria Clara at kompesor ng dalagang ito ni Kapitan Tiyago