La planification : l'évaluation n'a pas été bien planifiée ou est faite avec du retard
Les ressources : (temps, argent, personnel) sont insuffisantes pour mettre en place des procédures adéquates d'évaluation
Les ressources externes : difficile d'embaucher des consultants ou évaluateurs externes
La mesure des effets du programme : les changements chez les individus se produisent lentement et l'évaluation a lieu avant que les changements aient pu se produire
La durée : le programme est trop court et on ne donne pas suffisamment de temps pour en faire l'évaluation
La causalité : difficulté d'être sûr que le programme est la cause de ce qui est observé (présence de facteurs confondants)
Les programmes multistratégiques : il est difficile de savoir quelle stratégie a amené tel ou tel changement
Conflits entre les différentes parties prenantes : désaccord quant au choix des formes d'évaluation à réaliser ou autres...
La crainte de l'impact d'une évaluation négative : les responsables des programmes sont parfois réticents à faire une évaluation craignant que des résultats peu satisfaisants entraînent une remise en question de leur emploi ou de la qualité de leur travail
Les restrictions : éthiques ou politiques qui empêchent ou limitent la collecte de certaines données nécessaires pour l'évaluation