Nang bumalik si Jose Rizal sa Pilipinas noong Oktubre1887, maraming hirap at kasawian ang dinanas ng pamilya at kaibigan niya dahil sa pagkakasulat ng Noli Me Tangere
Nagkaroon ng problema sa lupa at nagkaroon ng pandinig sa kasong ito kasabay din sa pagdinig sa kaso ni Jose Rizal dahil sa paglathala ng tinaguriang "makamandag" na babasahing Noli Me Tangere
Isinulat ni Rizal ang karugtong ng Noli Me Tangere na El Filibusterismo sa kabila ng pagbatikos at hirap na kaniyang kinakaharap
Noong Pebrero 3, 1888 ay nilisan ni Rizal ang Pilipinas dahil sa pangambang manganib ang buhay ng mga mahal niya sa buhay
Ang kaniyang pamilya ay inusig at umakyat ang kaso sa lupa hanggang sa Kataas-taasang Hukuman ng Espanya
Sa gitna ng mga problemang ito, giniyagis si Rizal ng mga personal at politikal na mga suliranin
Dumanas si Rizal ng suliranin sa pananalapi at muntik nang nawalan ng pag-asa na maipalimbag ang nobelang El Filibusterismo
Dumating ang hindi inaasahang tulong mula kay Valentin Ventura
Natapos limbagin ang aklat sa Ghent, Belgium noong Setyembre18, 1891
Inihandog ni Rizal ang nobela sa alaala ng mga paring sina Gomez,Burgos at Zamora
Ang pagkahandog na ito sa tatlong paring martir ng ikalawang nobela ni Rizal ang pangunahing dahilan kung bakit ito ay itinuturing na isang nobelang politikal
Makikita sa nobela ang mga suliranin ng sistema ng pamahalaan at ang mga kaakibat na problema: problema sa lupa, pamamahala, pamamalakad ng relihion at edukasyon, katiwalian at iba pa
Masagisag at malarawan ang ebolusyon ni Simoun mula kay Crisostomo Ibarra at kasama na pati ang pangungulila at pag-aasam sa pag-ibig