Sebahagian besar pusat pemerintahan Kesultanan Johor Riau terletak di sepanjang pesisir Sungai Johor
Semasa pemerintahan Sultan Ibrahim (1677 - 1685), kegemilangan Kesultanan Johor Riau diteruskan di Kepulauan Riau Lingga yang menjadi pusat pemerintahan yang baharu.
Pusat pemerintahan sering berpindah disebabkan oleh keperluan strategi ketenteraan dan pertahanan serta muslihat mempertahankan diri daripada ancaman Portugis dan Acheh
KOTA KARA
dibina semasa pengasasan kerajaan oleh Sultan Alauddin Riayat Shah I
terletak di Kuala Sungai Telor
pagar dibuat dengan pancang kayu besar setinggi 40 kaki (12 meter)
diperkuatkan dengan bedil dan meriam
MENJALINKAN HUBUNGAN DENGAN BELANDA
Hubungan Johor-Belanda bermula pada tahun 1602 apabila Belanda menawarkan bantuan kepada Sultan Alauddin Riayat Shah II (1597 - 1615) untuk melindungi Johor daripada serangan Portugis dan Acheh
Perjanjian Johor-Belanda ditandatangani pada 17 Mei 1606 antara Admiral Belanda, Cornelis Matelief de Jonge dan Sultan Alauddin Riayat Shah II di atas kapal Belanda bernama Oranje
BELANDA-JOHOR
Belanda meminta bantuan Johor untuk menyerang Melaka
Johor mengambil bahagian dalam perang Belanda-Portugis dengan memberikan bantuan yang berikut:
Membantu mengangkut peralatan perang
Membuat tapak meriam
Menggali parit kubu
Menyekat musuh ke dalam hutan
Menaikkan semangat tentera Belanda
BELANDA-JOHOR
Johor membantu Belanda mengepung dan menyerang Portugis di Melaka sejak 2 Ogos 1640
Portugis di Melaka berjaya ditewaskan pada Januari 1641