Bio 1

• Acides aminés


  Composés de 20 acides aminés, possédant une fonction amine primaire et une fonction carboxyle fixées sur le même carbone alpha. Ils sont à la fois des acides et des bases, ce sont des composés amphotères.
• Acides aminés


  • Leur chaîne latérale R conditionne leurs propriétés physiques et chimiques, notamment leur solubilité dans l'eau et leur charge à un pH donné (pHi)
  • Ceux possédant plus de 2 pKa, le COOH ou NH3 de la chaîne principale se déprotone ou protone en premier

  
• Classes d'acides aminés


  • Apolaires hydrophobes
  • Apolaires hydrophiles
  • Acides
  • Basiques
• Les acides aminés sont la base de la synthèse des protéines, liés par des liaisons peptidiques
• Résidu d'acide aminé


  Partie de l'acide aminé qui engage sa fonction carboxyle dans une liaison peptidique

  
• Deux catégories de protéines

  • Protéines fibreuses
  • Protéines globulaires
• Structure des protéines

  • Structure primaire : suite ordonnée de résidus d'acides aminés liés par des liaisons peptidiques
  • Structure secondaire : conformation spatiale répétitive régulière de segments de la chaîne protéique (hélice alpha, feuillet bêta, coude bêta)
  • Structure tertiaire : conformation tridimensionnelle biologiquement active de la chaîne polypeptidique
  • Structure quaternaire : structure dans l'espace adoptée par l'association d'au moins deux chaînes polypeptidiques

  
• Les protéines peuvent subir différentes modifications post-traductionnelles comme la phosphorylation, la glycosylation et l'ubiquitination

  
• Purification d'une protéine

  1. Extraction

  2. Fractionnement par dialyse, chromatographie (sur colonne, échange d'ions, interaction hydrophobe, partage, affinité), électrophorèse
• Identification des protéines

  1. Spectrométrie de masse après protéolyse chimique ou enzymatique

  2. Détermination de la séquence par dégradation d'Edman

  
• Détection des protéines

  1. Absorbance à 280nm

  2. Dosage par BCA

  3. Immunodétection par Western blot
• Oses (monosaccharides)


  Composés de formule générale C6H12O6, de deux types (aldoses et cétoses) et de deux configurations (épimères et énantiomères)

  
• La cyclisation des oses fait apparaître un carbone anomérique en position alpha ou bêta
• Acides nucléiques


  Polymères de nucléotides présents dans toutes les cellules du vivant

  
• Nucléotide


  Nucléoside estérifié en C5' du désoxyribose

  
• Membrane


  Visualisation de celle-ci après ajout d'anti-c qui la colore
• Formule générale des oses

  C6H2nOn avec 3≤n≤8 carbones

  
• Types de configuration des oses

  • Epimères
  • Énantiomères
• Hydroxyle anomérique


  En β si OH au-dessus du cycle, en α si OH en-dessous du cycle
• Détermination de la structure des oses

  Méthylation pour mettre en évidence les positions protégées
• Oxydation des oses


  Sur l'avant-dernier C, c'est-à-dire le OH semi-acétalique
• Constituants des acides nucléiques


  • Nucléoside (base azotée + pentose)
  • Groupe phosphoryl

  
• Nucléotide


  Nucléoside estérifié en C5' du désoxyribose par un groupe phosphoryl

  
• Bases azotées

  • Purines (A, G)
  • Pyrimidines (T, U, C)

  
• ADN


  Macromolécule support de l'information génétique, polymère de nucléotides

  
• Structure de l'ADN

  • 2 brins complémentaires, sucres et phosphates à l'extérieur, bases azotées à l'intérieur, orientation anti-parallèle

  
• Réplication de l'ADN

  1. Initiation (reconnaissance des origines de réplication, déroulement de l'ADN, synthèse d'amorces)

  2. Élongation (synthèse semi-conservative du nouvel ADN)
• Polarité de la chaîne d'ADN


  5'→3'

  
• Localisation de l'ADN chez les eucaryotes

  • Noyau cellulaire
  • Mitochondries
  • Chloroplastes
• Chromatine


  Complexe ADN-histones, euchromatine (ADN actif) et hétérochromatine (ADN inactif)

  
• Mutation


  Changement permanent de la structure de l'ADN conduisant à une protéine de structure primaire différente

  
• ARN

  Formé de nucléotides liés par des liaisons phosphodiesters, avec ribose et bases (A, U, C, G)

  
• Types d'ARN

  • ARNr (ribosomique)
  • ARNt (de transfert)
  • ARNm (messager)
  • snARN (small nuclear)
• Transcription

  1. Initiation (fixation de l'ARN polymérase II sur un promoteur)

  2. Élongation (synthèse d'ARNm à partir d'un brin d'ADN matrice)

  3. Terminaison (détachement de l'ARN polymérase)

  4. Maturation (excision des introns, épissage, renforcement des extrémités)
• Traduction


  Interprétation des nucléotides en acides aminés par les ARNt, lecture du code génétique

  
• Le codon de début de la traduction est AUG, porté par le brin codant (3'→5')
• Les lipides et les membranes sont abordés dans la section VII
• Quels sont les étapes du passage de ADN à Protéine

  Transcription

  A) ARNm

  B) Pré-ARNm

  C) Réplication

  D) ADN

  E) Transcription

  F) Maturation

  G) Traduction

  H) Protéine