Biomoleculen

• Covalente binding


  Binding waarbij atomen elektronen delen
• Ionische binding


  Binding waarbij een complete transfer is van elektronen van het ene atoom naar andere
• Dipool interacties


  Bij moleculen met ongelijke ladingsverdeling
• Van der Waalskrachten


  Zwakke/zeer zwakke krachten die optreden bij intermoleculaire interacties tussen neutrale atomen, wanneer deze tot zeer dichte afstand naderen
• Waterstofbruggen


  Intermoleculair kracht tussen elektronenpaar op sterk elektronegatief atoom (F, O, N) en H-atoom
• Zoutbruggen


  Elektrostatische binding tussen 2 tegengesteld geladen atomen
• Permanente dipolen


  Ongelijke verdeling van de lading en zijn daarom polair (bv. water en koolstofmonoxide)
• Geïnduceerde dipolen


  Niet-polaire moleculen kunnen dipolair worden in aanwezigheid van een elektrisch veld
• Hydrofiel


  Polaire moleculen zijn oplosbaar in water
• Hydrofoob


  Apolaire moleculen zijn (bijna) onoplosbaar in water bv. olie
• Hydrofobe effect


  Eigenschap van water om zijn contact met hydrofobe moleculen te minimaliseren
• Amfipathische moleculen


  Moleculen die zowel een polair als apolair gedeelte hebben en ze zijn dus simultaan hydrofiel en hydrofoob
• Buffers


  Oplossingen die in een bepaald pH gebied, veranderingen van pH tegengaan
• Polyprotische zuren


  Verliezen meer dan 1 proton en ondergaan dus meer dan 1 ionisatie
• Acidose


  pH < 7.1
• Alkalose


  pH > 7.6
• IEP (isoelektrisch punt)


  pH-waarde waarbij de globale lading van het molecule 0 is. Dit IEP kan voor elke molecule voorspeld worden als de pKa's gekend zijn
• Enantiomeren


  Structuren die spiegelbeelden hebben die niet exact op elkaar gelegd kunnen worden
• Post-translationele modificaties


  Sommige AZ-zijketens worden na inbouw van het AZ in een eiwit nog chemisch gewijzigd
• Peptidebinding


  Ontstaat wanneer α-carboxylgroep van AZ 1 condenseert met α-aminogroep van AZ 2 en water afgesplitst wordt
• Oligopeptide


  < 20 AZ
• Polypeptide


  20-100 AZ
• Eiwit


  > 100 AZ
• Residu


  Elk individueel AZ in een keten
• Ramachandranplot


  Conformaties die sferisch niet mogelijk zijn hebben een φ en ψ waarde die de atomen dichter zal brengen dan deze van de overeenkomende Van der Waals afstanden. Deze info wordt samengevat in een Ramachandranplot. De meeste gebieden stellen verboden conformaties voor van een polypeptideketen
• Antiparallele β-sheet


  Waarbij de naastliggende polypeptideketens waterstofbruggen aangaan die in verschillende richting lopen
• Parallelle β-sheet


  Waarbij de naastliggende polypeptideketens in dezelfde richting lopen
• Coil-structuren


  Segmenten van een polypeptideketen waarvan de opeenvolgende residu's verschillende φ en ψ hoeken vertonen
• Random coil


  Ongeorganiseerde structuur van gedenatureerde eiwitten
• Omega loop


  1. 16 residu's. Dit zijn compacte structuren die altijd voorkomen op de oppervlakte van eiwitten. Rol in biologische herkenning
• Tertiaire structuur


  Globale 3D vorm
• Natief eiwit


  Eiwit die voortkomt in de vorm waar het zijn biologische functie kan uitoefenen
• Quaternaire structuur


  Waarbij 2 of meer polypeptide sub eenheden associëren tot grotere eiwitstructuur
• Hydrofobe collaps


  Vorming van de hydrofobe kern van eiwitten
• Misfolding


  Eiwitten die niet correct gevouwen zijn, liggen aan basis van verschillende ziekten o.a. gekke koeien ziekte, alzheimer
• Moleculaire chaperonnes


  Essentiële eiwitten die binden aan niet gevouwen en gedeeltelijk gevouwen polypeptideketens. Ze voorkomen foute associatie van hydrofobe regio's die kunnen leiden tot foutief gebonden eiwit
• Geconjugeerde eiwitten


  Eiwitten die, buiten aminozuren, nog andere groepen bezitten
• Proteolytische splitsing


  Afsplitsing van het initiatie methionine
• Ubiquitine


  76 aminozuren lang polypeptide die in alle organismen voorkomt. Meest geconserveerd eiwit gekend. Eiwitten die afgebroken moeten worden, worden eerst gemerkt met ubiquitine
• SUMO (Small-ubiquitine-like molecule)


  4 vormen gekend. Rol in processen zoals transcriptie regulatie, celcyclus, apoptose