Il existe d’autres colorations : les mycobactéries ne prennent pas la coloration car résiste à l’alcool et à l’acide, elles ne prennent pas le violet de gentiane. Par exemple, Mycobacterium tuberculosis est identifiée grâce à la coloration de Ziehl-Neelsen (Bactérie Alcolo-Acido-Résistante ou BAAR). Il y aura un aspect rose sur fond bleu, ce qui n’a rien à voir avec la coloration de Gram, donc on ne peut pas distinguer le gram + ou – dans ce cas.