Le differenze principali tra EIMS e ESIMS sono: nella tecnica EI, sorgente, analizzatore e rilevatore necessitano di essere in alto vuoto, creando problematiche tecnologiche nell’accoppiamento con la cromatografia liquida, mentre la tecnica ESI rende possibile la ionizzazione a pressione atmosferica, e la riproducibilità dei frammenti, in quanto EIMS genera ioni primari e ioni figli facilmente riproducibili e introducibili in librerie, mentre non è possibile con ESIMS